Từ sau năm Thiệu Long[1] thứ 10 (1267), các cấp đơn vị tổ chức quân đội, lấy cơ số 5 (hệ ngũ) số lượng binh lính của đơn vị căn bản:

Trong đó, ngũ trưởng và đội trưởng là quan quân cấp thấp nhất, doanh trưởng và quân trưởng là quan quân cấp trung. Các quân trưởng được chỉ huy bởi tướng quân, đây là một cấp bậc tướng lĩnh cao cấp của quân đội, nắm quyền chỉ huy cấp quân đoàn. Thông thường, mỗi quân đoàn sẽ đóng giữ một vùng, nên lấy tên vùng đó đặt cho tên quân đoàn. Ví dụ như quân đoàn trấn thủ ở lộ Lạng Châu sẽ lấy tên là quân đoàn Lạng Châu, gọi tắt là quân Lạng Châu.

Theo chiếu định của Trần Thánh Tông, tôn thất vương hầu giỏi võ nghệ, tinh binh pháp sẽ được chọn khởi nghiệp từ quan quân cấp trung, trong khi lê dân nhập ngũ phải bắt đầu từ binh lính cấp thấp nhất. Trên cấp tướng là cấp bậc thượng tướng quân, trên nữa là các chức quan võ do các trọng thần đầu triều nắm giữ, như thái úy hoặc các chức vụ tương đương.

Cuối cùng, nguyên soái là cấp bậc tối cao, thay mặt nhà vua thống suất toàn quân đội, trực tiếp chỉ đạo cả các tướng quân lẫn thượng tướng quân. Tuy nhiên, nguyên soái chỉ mang tính chất thời vụ trong chiến tranh, được lập ra khi triều đình tập kết một đội quân quy mô lớn từ nhiều quân đoàn khác nhau. Khi kết thúc chiến tranh, nguyên soái sẽ trở về thực hiện nghi thức "giao lệnh[3]" với hoàng đế và triều đình.